En el marco de la nueva religión, que como hemos visto tuvo una amplia difusión desde tiempos tempranos, se crean dos tipologías arquitectónicas: los templos y los monasterios. Los primeros son edificios de modestas dimensiones, que frecuentemente siguen la tipología basilical , modelo derivado de la arquitectura civil romana. Los monasterios serán construcciones más ambiciosas, destinadas a acoger a una congregación religiosa y en mucha ocasiones un pequeño núcleo poblacional; el rasgo que más llama la atención de los monasterios coptos es su ubicación, se construyen en pleno desierto, quizá siguiendo la tradición de los primeros anacoretas. El centro delmonasterio está constituido por una o varias iglesias, entorno a ellas se desarrollan diferentes módulos destinados a la vida en comunidad de la orden religiosa.

Las primera iglesias fueron instaladas en antiguos templos faraónicos abandonados, estos edificios preexistentes se adaptan a la nueva liturgia mediante programas decorativos, pero la estructura arquitectónica no se modifica, este es el caso de las iglesias de Medamud y Medinet Habu. En otras ocasiones el templo cristiano se construye dentro del recinto del templo faraónico, reutilizando el material procedente del monumento anterior.