El dios del Templo de Kom Ombo era Sobek, con forma de Cocodrilo. Se cree que fue divinizado porque los cocodrilos abundaban en esta zona del Nilo.

Con el paso de los años, a la gente de este pueblo no les gustaba tanto ser asociados a un dios que representa el mal, por eso, le agregaron otro dios, Horus, como hermano suyo y socio en el culto del templo.

El estado de destrucción actual en el que se encuentra el templo, está contemplado en el propio mito de este templo, pues cuenta la leyenda que Sobek, el hermano malvado con forma de cocodrilo, maquinaba contra su hermano, Horus, con forma de Halcón hasta echarle del pueblo. La población, al ver su dios amado abandonar el pueblo, también partió hasta dejar el pueblo completamente desierto. Sobek al querer reanudar la vida en el poblado, resucitó a los muertos quienes en lugar de construir destruían y en lugar de sembrar trigo, sembraban arena.