En el 480, el tirano de Gela y Siracusa llamado Gelón derrotó a los cartagineses en la ciudad de Himera en Sicilia. En agradecimiento donó al oráculo un trípode con una Niké (una victoria) de oro.
Polizalos (o Polyzelos) el príncipe siciliano venció un año en los Juegos Píticos. Tras esta victoria ofreció al santuario de Delfos una cuadriga que debió ser imponente, de la cual se conserva el famoso auriga que fue encontrado en 1896

Catástrofes en el siglo IV adC
Durante este siglo ocurrieron una serie de catástrofes que en nada beneficiaron al santuario de Delfos:

En el 373 adC hubo un terremoto que destruyó el templo edificado por los Alcmeónidas.
Del 356 adC al 346 adC fue la tercera guerra sagrada y la consecuencia fue destrucción y daños irreparables. Los focios lucharon contra los tesalios, beocios y Filipo II de Macedonia, con la intención de obtener la supremacía sobre el oráculo de Delfos. La guerra les costó tanto que se apoderaron de los mejores tesoros del santuario. Fundieron el oro y la plata y con ese resultado pudieron pagar a sus soldados. Pero poco después Filipo se hizo con la autoridad total del lugar sagrado y obligó a los focios a ir restituyendo en donaciones todo lo robado.
En el 339 adC ocurrió la cuarta guerra sagrada, cuando el pueblo de los locrios se enfrentó contra Atenas y el político Esquines seguidor de Filipo se enfrentó también contra la ciudad de Anfisa (o Ámfissa). Estos hechos dieron lugar a la batalla de Queronea, en el 338, en la que fueron derrotados atenienses y tebanos. Los macedonios tuvieron desde entonces la hegemonía de Grecia.

Siglo III y II adC
Durante la época del helenismo, difundida por los sucesores de Alejandro Magno se construyó un teatro nuevo y un estadio nuevo.

Los etolios (señores de Delfos) regalaron numerosas ofrendas en forma de columnas y estatuas. Pero los donantes más generosos de esta época fueron los reyes de Pérgamo que en varias ocasiones ofrecieron dinero y mano de obra para el mantenimiento del santuario. El rey de Pérgamo Atalo I regaló un conjunto monumental para celebrar su victoria sobre los gálatas. La donación fue de tal calidad que los etolios de Delfos junto con los componentes de la anfictionía mandaron erigir unas estatuas de Atalo I y de Eumenes II sobre unos pilares y las colocaron junto a la fachada del templo. También Perseo de Macedonia regaló una estatua con su efigie, pero más tarde su vencedor el general romano Pablo Emilio la mandó quitar para sustituirla por una que le representaba a él.

Son de esta época la epigrafía que cubría los muros de los edificios y del muro poligonal. En ella puede leerse los textos sobre los derechos honoríficos y sobre la liberación de esclavos. Apolo era quien garantizaba dicha liberación, después de habérsele pagado la suma correspondiente. También es de esta época la epigrafía del tesoro de los atenienses.


Decadencia
Comenzó el declive en el siglo I adC y continuó hasta el siglo III durante este período el oráculo, respetado aún, fue perdiendo prestigio y visitantes . En el siglo I adC fue cuando se hizo la talla de una fuente rupestre en la pared de la garganta Castalia, allá donde desde antiguo se encontraba el manantial sagrado.

Los fondos para el mantenimiento del santuario, de sus monumentos y de sus tesoros van menguando a grandes pasos; la hierba crece entre los edificios, de manera salvaje, la madera se pudre y la suciedad empieza a notarse. Hubo además un incendio en el templo de Apolo que el emperador Domiciano (51-96) hizo reparar. El escritor griego Plutarco (c. 46-125), que además fue administrador de la anfictionía en los últimos años de su vida, escribió por entonces sus Diálogos píticos y en este libro comenta la impresión de abandono que le daba el santuario de Delfos.

A pesar de todo, la anfictionía continúa reuniéndose, organiza los Juegos Píticos, levanta algunas estatuas a los cónsules y emperadores romanos y el oráculo sigue siendo consultado. Pero las peticiones son ya de otro estilo: ya no se le pide consejo sobre posibles enfrentamientos, reinados, gobernantes, etc., las consultas del momento son consejos sobre viajes, matrimonios y otros asuntos domésticos. El oráculo ha dejado de influir en la política y el devenir de los pueblos. Su último momento de algo de esplendor se da bajo el gobierno de los Antoninos, en el siglo II de nuestra era. Los emperadores siguieron manteniendo una regular correspondencia con el oráculo. Esta correspondencia ha llegado hasta nuestros días grabada sobre los contrafuertes del templo de Apolo.

El emperador romano Adriano (c. 46-125) también visitó Delfos. Allí hizo levantar una estatua (que ha sido hallada en las excavaciones) en homenaje a su favorito Antinoo, que había muerto ahogado misteriosamente en el río Nilo.

Herodes Ático (101-177), político y orador griego, sofista y protector de las letras, además de poseer una gran riqueza, donó parte de ésta a Delfos para reconstruir las gradas del estadio. También mandó erigir estatuas de su familia.

Pero ya por el siglo II, el santuario recibía visitantes que eran más curiosos que fieles. Los viajeros llegaban allí para curiosear y no para utilizar el recinto como lugar sagrado. Pausanias fue uno de estos visitantes que llegó en calidad de hombre culto y amante de las antigüedades y luego contó sus impresiones como historiador. Para las gentes del siglo II el apogeo y utilización del santuario como lugar sagrado estaba tan lejano como puede estar para los habitantes del siglo XXI los acontecimientos del Renacimiento. Ya en el año 87 adC, Sila se había apropiado de muchas riquezas sagradas y de las ofrendas hechas en metales preciosos, lo mismo que el emperador Nerón en el siglo I. En el siglo III el emperador romano Constantino I el Grande se llevó a Constantinopla (actual Estambul) una de las pocas piezas que aun quedaban: la columna serpentina que se levantaba exenta y que nadie consideraba de valor después de que los focenses se llevaron 700 años antes su trípode de oro. Todavía se conserva.

En el siglo III los hérulos, godos y bastarnos recorrieron en intensas campañas toda la Grecia Central, Ática y el Peloponeso, arrasando y saqueando. En Delfos destruyeron algunas de las estatuas que pudieran quedar en pie y el resto se vino abajo después del edicto de Teodosio el Grande, emperador romano (c. 346-395), con el que se pretendía acabar con todos los "ídolos del paganismo", clausurando así el oráculo de Delfos, que cesó su actividad el año 390. La desolación fue total al cabo de los años y de los centenares de estatuas que antaño poblaron el recinto, no quedó ni una en pie.


Fin del culto
El recinto de Delfos nunca llegó a estar deshabitado. Después de que se hubo olvidado por completo la razón de su existencia, sus ruinas se fueron recubriendo y se fue edificando toda una pequeña ciudad.

Durante el siglo V de nuestra era el lugar de Delfos fue la sede de un arzobispado y para ello se construyeron algunas iglesias utilizando como material el mármol de los monumentos anteriores; se construyó una basílica, importantes edificios de ladrillo y mampostería, establecimientos de baños, etc. Todo eso se rodeó de un muro que protegiera las invasiones eslavas. La ciudad fue creciendo a lo largo de los siglos y hasta tal punto fue olvidado y enterrado todo lo demás que en el siglo XVIII los eruditos se plantearon la duda del lugar exacto en que habría estado el célebre santuario de Apolo. Por los textos antiguos se tenía una idea, pero era casi imposible dar con ningún vestigio. Hasta que gracias a un hallazgo fortuito empezaron los estudios sistemáticos y las excavaciones.


Las excavaciones
En 1676 Jacques Spon (francés) y George Wheler (inglés) llegaron al emplazamiento del santuario, convertido en un poblado llamado en ese momento Castri. En su visita por el lugar se fijaron en unas inscripciones en la iglesia de un monasterio que había sido construido justamente sobre los muros del antiguo gimnasio. En estas inscripciones leyeron la palabra Delphi. Lo mismo les ocurrió en algunas casas del poblado. En estos años no pasó de ser una noticia para los historiadores; no hubo excavaciones.

Pasados dos siglos, en 1840, un arqueólogo alemán llamado Karl Otfried Müller trabajó en esta zona y descubrió entre las casas del poblado una parte del gran muro poligonal del recinto del santuario. El descubrimiento fue una llamada a seguir trabajando. Llegaron más arqueólogos franceses y alemanes, que fueron poco a poco descubriendo indicios y vestigios de la joya arqueológica que se escondía en aquel lugar. Pero la tarea era muy difícil pues la presencia del poblado impedía hacer excavaciones en serio. Empezaron entonces los tratos y los proyectos para trasladar a otro sitio todo el poblamiento de Castri, hasta que en 1881 hubo una convención entre el gobierno griego y el gobierno francés (muy interesado en las excavaciones) para expropiar, trasladar y reconstruir el nuevo emplazamiento, que es la ciudad actual llamada Dhirfis (Delfos).

Comenzó una gran actividad arqueológica dirigida por el jefe de la Escuela Francesa de Arqueología de Atenas, Théophile Homolle. Fueron apareciendo piezas, restos de estatuas criselefantinas (es decir, estatuas que tenían la cara, las manos y los pies de marfil y el cabello de oro), piedras de edificios, columnas rotas, etc. Después vinieron las restauraciones llevadas a cabo por la Escuela francesa de Arqueología más una subvención del Ayuntamiento de Atenas más aportaciones particulares de ciudadanos griegos. De esta forma vieron la restauración:

El tesoro de los atenienses que fue reconstruido pieza a pieza
El templo de Apolo, del que apenas se conservan algunas columnas
El estadio, que es el mejor conservado de la Antigüedad
El Tholos o santuario de Atenea
La fuente Castalia
El ágora romana
El altar de Quíos
Varias columnas

Muchas de las piezas fueron llevadas al museo de Delfos que en la actualidad es uno de los más ricos de Grecia en el tema de la Antigüedad, entre otras el famoso auriga de bronce de tamaño natural ofrendado por Polyzelos, la esfinge de Naxos, los mellizos de Argos y una copia romana del ónfalos que era la piedra en forma de huevo que señalaba el centro u "ombligo de mundo" en Delfos y que fue encontrado durante las excavaciones hechas al templo de Apolo.